Guaibasaurus fue nombrado por primera vez por José F. Bonaparte, Jorge Ferigolo y Ana Maria Ribeiro en 1999 y la especie tipo es Guaibasaurus candelariensis. El nombre genérico lleva el nombre de la "Cuenca Hidrográfica del Río Guaíba", donde se encontró el holotipo como parte del "Proyecto Prό-Guaíba", un programa científico que apoya la investigación sobre fósiles del período Triásico. El nombre específico lleva el nombre de Candelária, una ciudad cerca de la localidad fósil en la que se encontró el holotipo.
José Bonaparte y sus colegas, en su descripción de 1999 del género, encontraron que era posible terópodo basal y lo colocaron en su propia familia , Guaibasauridae. Bonaparte y sus colegas en 2007 encontraron a Saturnalia un nuevo dinosaurio brasileño muy similar a este, y colocaron a los dos en Guaibasauridae, que se encontró que era un grupo saurisquios primitivos. Bonaparte descubrió que estas formas pueden haber sido sauropodomorfos primitivos, o un conjunto de formas cercanas al ancestro común de los sauropodomorfos y terópodos. En general, Bonaparte descubrió que tanto Saturnalia como Guaibasaurus eran más parecidos a terópodos que a prosauropodos. Sin embargo, todos los análisis cladísticos más recientes encontraron a los miembros de Guaibasauridae como sauropodomorfos muy basales, excepto el propio Guaibasaurus, que se encontró que era un terópodo basal o alternativamente, un sauropodomorfo basal.
Taxonomía
Reino: Animalia
Filo: Chordata
Clase: Sauropsida
Superorden: Dinosauria
Orden: Saurischia
Familia: Guaibasauridae
Género: Guaibasaurus
Bonaparte et al., 1999
Especie: G. candelariensis
Bonaparte et al., 1999.
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